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En el año 1862 triunfa Mitre sobre Urquiza en Pavón y queda Buenos Aires incorporada a la Confederación, que pasa a llamarse República Argentina. A partir de allí empieza la organización del estado nacional, limitando las autonomías provinciales. La creación del ejército y la introducción del ferrocarril ayudaron al proceso, las provincias empiezan a tener mejor acceso al puerto. Pero hay caudillos en el interior que aún recelan del nuevo poder federal, viendo en él la repetición del centralismo porteño de los años anteriores de la confederación. Hay que aclarar que no se oponen a la constitución nacional, simplemente piden mayor poder de decisión de las provincias. Por otra parte mantenían aún sus ejércitos propios, cosa inaceptable para el estado nacional. Las sublevaciones de Chacho Peñaloza (La Rioja), Felipe Varela (Catamarca) y López Jordán (Entre Ríos) pone fin a esas aspiraciones y reclamos.
Con el gobierno de Avellaneda (1874), empieza a regir una suerte de pacto entre los autonomistas de Buenos Aires, rivales de Mitre, y una liga de gobernadores del interior. Se hacen concesiones, como el subsidio a economías regionales, e.g. el azúcar en Tucumán y Jujuy. A partir de entonces, los que se rebelan son los recalcitrantes porteños, primero el propio Mitre (1874) y finalmente Carlos Tejedor (1880) que se opone a la capitalización de la ciudad con el tucumano Roca como presidente. La sublevación fracasa y se cierra un período de la historia argentina.
El resultado es el que aún vemos hoy, un gobierno federal en Buenos Aires con centralidad en el mando y primacía económica, pero unas provincias que conservan su autonomía y cuya dirigencia tiene participación en el sistema.
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