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La medicina tradicional y natural es el conjunto de técnicas muy extendidas por todo el mundo, cuyo fin es restablecer el equilibrio bioenergético cuando este ha sido afectado por la invasión de agentes patógenos endógenos y exógenos; sin embargo, a pesar del incremento de la demanda de esta alternativa terapéutica, aún existen limitaciones por la carencia de estudios basados en la aplicación de un método científico para obtener y evaluar los resultados, sobre todo para la valoración de agentes o procedimientos terapéuticos o diagnósticos a través de ensayos clínicos. Al respecto, en este trabajo se propone una metodología para el diseño de investigaciones del tipo ensayo clínico en la medicina tradicional y natural, contextualizada sobre la base de la guía para la confección de un protocolo de ensayo clínico, elaborada por el Centro Nacional Coordinador de Ensayos Clínicos.