El libro del cementerio cuenta la historia de un bebé que consigue escapar de su casa la noche en la que toda su familia es asesinada. El niño llega hasta el cementerio seguido por el asesino, ya que su misión principal era acabar con él. Afortunadamente, el niño es protegido por los fantasmas del cementerio, también en parte gracias a la Dama de Gris (una mujer pálida que monta sobre un caballo), quien representa a la muerte. Esta les convence para que ayuden al pequeño y lo nombran “ciudadano honorífico del cementerio”, lo que le otorga poderes dentro del recinto, como ver en la oscuridad, hablar y ver a los fantasmas… El señor y la señora Owens deciden hacerse cargo del huérfano y ser sus padres adoptivos; le ponen el nombre de “Nadie”, aunque será apodado como “Nad”. Silas, el guardián del cementerio, una criatura no viva, pero tampoco muerta, echa de allí al asesino, el hombre Jack. También se compromete a ser el tutor del pequeño Owens y le enseña lo básico durante su niñez. A medida que Nad crece, se hace más curioso y se pasa el día explorando el cementerio, donde descubre tumbas con tesoros escondidos, portales a universos paralelos, y donde también hace amigos. Cuando aún es niño conoce a Scarlet, una niña mortal de su misma edad que cree que Nad es su amigo imaginario, pero se tendrán que despedir cuando Scarlet se mude de la ciudad. Tiempo después el pequeño de los Owens también empieza una relación de amistad con Liza Hempstock, una bruja a la que ahogaron. Nadie Owens vive muchas aventuras tanto dentro como fuera del cementerio, pero solo cuando cumple la edad para ir al colegio le dejan salir de allí por primera vez. Nad no pasa desapercibido, así que no tiene otro remedio que volver al cementerio, ya que se mete constantemente en problemas. Finalmente, Nadie Owens descubre la organización de los “Hombres Jack”, la cual había encargado asesinarlos a él y a su familia quince años atrás, ya que estos habían predicho que un niño acabaría con su clan; y así fue. Nadie Owens, con la ayuda de los habitantes del cementerio y la de Scarlet, la amiga de la infancia con la que se reencuentra posteriormente, consigue deshacerse de los últimos componentes del grupo de los Jack; de los demás se habían ocupado Silas y sus compañeros. Después de esto, Silas decide borrarle la memoria a Scarlet. Con el paso del tiempo Nad deja de poder ver a los fantasmas, y es entonces cuando se da cuenta de que su vida en el cementerio ha terminado, hace sus maletas y se va. A la puerta del cementerio se encuentra a su madre adoptiva, la señora Owens, la cual lo despide entre sollozos, también le dice adiós su amiga Liza Hempstock con un tono entre cariño y odio....
