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Pizarro despojó de sus tierras al hijo de Almagro y le cerró el acceso al cargo que había ostentado su padre, gobernador de Chile. Pero en un nuevo giro de los acontecimientos, el 26 de junio de 1541 un grupo de veinte españoles congregados en torno a la figura del hijo de Diego Almagro, cuyo nombre era similar al de su padre, entraron sigilosamente en el palacio de Pizarro en Lima y asesinaron al conquistador extremeño. Pizarro, de 65 años de edad, murió con al menos 20 heridas de espada. Los agresores obligaron a las autoridades de Lima a nombrar gobernador al joven Diego Almagro y forzaron que Francisco Pizarro fuera enterrado de forma casi clandestina en un patio de la catedral de la ciudad, pero quedaron lejos de tomar ventaja en esta guerra civil entre conquistadores.