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Qué fue entonces lo que motivó el tránsito gradual a la agricultura? Aún no lo sabemos. Múltiples teorías tratan de dar respuesta a esta pregunta, privilegiando unas los motores de índole social, otras las causas ambientales, y otras más, los cambios genéticos de las plantas. Dentro del primer tipo de respuesta se acentúa el papel causal del incremento demográfico constante. La población habría llegado a un punto en que las actividades de apropiación no eran suficientes para su subsistencia, por lo que tendría que adoptarse la agricultura, pero ni en Oaxaca ni en Tehuacán hay indicios de un incremento demográfico sustancial.
La mayor información con que contamos acerca del Protoneolítico procede de cuatro regiones con larguísimas secuencias de ocupación: el Valle de Tehuacán, en Puebla; la Sierra de Tamaulipas y la Sierra Madre del suroeste de Tamaulipas […]; el Valle de Oaxaca […], y el sur de la Cuenca de México […]. Las investigaciones proporcionan un cuadro de desarrollo bastante completo. Durante los 2500 años de dicho horizonte se observa el paulatino aumento de la población, señalado por el número y la importancia de los asentamientos en una misma región. Conforme pasa el tiempo se alargan los periodos en los cuales las bandas se reúnen en un solo lugar para formar macrobandas. A lo largo del Protoneolítico siguen habitándose campamentos, abrigos y cuevas; pero, para el año 3000 a.C., existe en el Valle de Tehuacán una pequeña casa semisubterránea de planta ovalada.
En el proceso hacia el sedentarismo va aumentando la importancia de las plantas domesticadas respecto a las silvestres. En un principio tienen lugar cambios genéticos en la flora, posiblemente relacionados con conductas selectivas del hombre. Tiempo después, y a un ritmo muy lento, se acrecentará el número de vegetales domésticos. Hubo un proceso paralelo con los animales, aunque a una escala mucho menor, limitada al perro, guajolote, perico, guacamaya y abeja.
[…] los restos botánicos que documentan la transición son escasos y fueron descubiertos en unas cuantas áreas del territorio mexicano. En su mayoría se trata de materiales conservados en cavernas secas o gracias a que sufrieron un proceso de carbonización en el subsuelo. Las especies encontradas permiten suponer que no existió un foco único de domesticación, sino procesos regionales independientes: los cultígenos más antiguos de cada una de las cuatro regiones mencionadas son distintos. Es posible que posteriormente se enriqueciera por difusión la variedad de los cultivos en todo el territorio.
Los restos descubiertos en México permiten afirmar que el guaje y la calabaza son dos de los cultígenos más antiguos del Nuevo Mundo, puesto que hacen su aparición a finales del Cenolítico. Les seguirán en el tiempo diversas especies de frijol, maíz, maguey, nopal, coyol, yuca, tomate, aguacate, amaranto, chile, zapote negro, zapote blanco, ciruela y algodón. En lo que toca al maíz, el principal cultivo de nuestra historia se ha estimado su domesticación entre 5000 y 4000 a.C. Nuevos fechamientos de los restos de maíz de las fases de Coxcatlán y Abejas de Tehuacán los sitúan en el 3000 a.C. Sin embargo, los especialistas consideran que esta discrepancia se debe a que el maíz se introdujo ya domesticado a Tehuacán en fechas tardías o que las muestras usadas para los nuevos fechamientos se contaminaron en el laboratorio.
Durante décadas se ha discutido acerca del antecedente silvestre del maíz. En la actualidad destaca por su gran solidez la hipótesis que afirma que fue el teocintle (Zea mexicana) la planta que generó, por mutación, el maíz doméstico (Zea mays). En cuanto la cuna de esta transformación se propone buena parte de las tierras altas semiáridas y semitropicales desde Chihuahua hasta Guatemala. Las semejanzas del maíz con una de las razas del teocintle, la conocida como Chalco, llevan a pensar, hasta ahora, que la cuna fue el centro de México.
La trasformación de la vida durante el Protoneolítico se observa también en la industria de la piedra. Las piezas se van haciendo más pequeñas y funcionales gracias al retoque refinado y al pulimento. En contextos de esta antigüedad se han recuperado cuentas de collares, pipas, hachas y azuelas de piedra que fueron cuidadosamente pulidas. Al igual que en épocas anteriores, se emplearon fibras vegetales en la manufactura de cordeles, cestos, redes y telas.
El tránsito de las mujeres y los hombres a sociedades sedentarias fue un proceso que llevó mucho tiempo y esfuerzo.
El período geológico del pleistoceno se caracterizó por los llamados siglos glaciares, durante los cuales los seres humanos se dedicaron básicamente a la caza y la recolección.