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Las principales diferencias entre arqueas y bacterias, aparte de la resistencia a antibióticos, son la estructura de la membrana celular, el tamaño de sus ribosomas y sus flagelos. La membrana celular de las arqueas es distinta a la de bacterias y eucariotas, teniendo una composición química única.Las arqueas presentan una estructura similar a las bacterias: ADN circular, membrana plasmática, pared celular, citoplasma y ribosomas. Sin embargo, la membrana celular de las arqueas se caracteriza por la incorporación de lípidos isoprenoides con enlaces éter unidos a una base de glicerol-1-fosfato.
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