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La anexión entró en conocimiento de las autoridades de la República Federal de Centroamérica, a las que todas las partes implificadas pertenecían, el 28 de enero de 1825, cuando el Congreso de la República Federal de Centroamérica decretó la anexión de forma temporal "hasta que se haga la demarcación del territorio de los Estados", de las municipalidades de Nicoya y Santa Cruz a Costa Rica, y el 9 de diciembre reconoció la agregación de todo el Partido, incluyendo la villa de Guanacaste, que se había manifestado adversa a la anexión debido a la influencia de poderosos hacendados ganaderos con estrechos vínculos con Nicaragua. El Senado de la República Federal de Centroamérica ratificó la decisión el 18 de marzo de 1826. El decreto federal vino a dar sentido unitario a los sucesos del Partido, al no tomar en cuenta la oposición del Guanacaste y resolver su incorporación a Costa Rica.