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Los primeros pobladores de lo que hoy es Ecuador fueron tribus nómadas de cazadores - recolectores llegados desde el norte. Las poblaciones del período preincaico vivían en clanes, que formaban colectividades exógamas.
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En los últimos 15 años, la genética ha sido una de las disciplinas determinantes en la investigación arqueológica y antropológica. Sus alcances y aportes han permitido abrir nuevas discusiones sobre el asentamiento del Hombre moderno en los distintos continentes. La genética de poblaciones humanas está ligada a varias disciplinas científicas. Ella se apoya en datos y técnicas de análisis de la biología molecular y de la bioquímica, así como también en datos históricos para comprender el rol de la dinámica demográfica de una población al nivel de la evolución de frecuencias genéticas. Gran parte de los estudios genéticos poblacionales se basan en la molécula de ADN. El polimorfismo del ADN permite caracterizar finamente a cada uno de los seres humanos, y a su vez encontrar las diferencias y/o similitudes que puedan existir entre poblaciones y así, trazar la historia genética de las poblaciones humanas.
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