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El municipio de Leticia cuenta con abundantes cuerpos hídricos permanentes y estacionarios, que conforman una red hidrográfica de gran importancia para la región y muchas sobresalen por ser fuentes de captación para agua de consumo para las comunidades indígenas y población rural, además de servir de hábitat para muchas especies acuáticas silvestres.
El mayor recurso hídrico está representado por la macro cuenca del río Amazonas que es el eje fluvial más importante del departamento y mediante el cual se facilita el desarrollo económico, turístico y ambiental de la región. El río Amazonas posee una longitud de 6 800 km.; siendo el río más largo y caudaloso del mundo, convirtiéndose en una fuente hídrica de gran importancia a nivel nacional e internacional por su ubicación estratégica a lo largo de la selva Amazónica compartida por los países: Brasil, Perú, Ecuador, Venezuela y Colombia siendo de esta manera la cuenca del Amazonas de mayor superficie del planeta la cual sustenta la selva amazónica y gran biodiversidad.
Otra cuenca importante, es la de segundo orden del río Calderón que posee una extensión aproximada de 68 000 hectáreas, entre los territorios de Colombia y Brasil, por lo cual hace parte de la macrocuenca del río Amazonas. La zona de la cuenca alta del río Calderón, los nacimientos y primer tercio de recorrido, se encuentra en el trapecio amazónico colombiano, donde territorialmente hace parte de la jurisdicción de la zona rural del municipio de Leticia, al interior del área de reserva forestal de la amazonía colombiana creada por la Ley 2 de 1959. La cuenca media y baja del río Calderón transcurre por territorio Brasilero, al interior de la reserva indíigena Tikuna de Eware.