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Mientras los españoles afianzaban su posición en las tierras del Incario y los nativos, liderados por Manco Inca, se refugiaban en Vilcabamba, convertido en eje de la resistencia a los invasores, en 1542 fue creado por orden real el virreinato del Perú. La ciudad de Lima fue la sede del gobierno virreinal y acogió el 15 de mayo de 1544 al primer virrey del Perú, Blasco Núñez de Vela. La tarea de este funcionario chocó con los intereses de los encomenderos que, encabezados por Gonzalo Pizarro, se habían alzado en el Cuzco contra las Leyes Nuevas. La guerra civil costó la vida al flamante virrey y sólo a partir de 1555 (mandato de Andrés Hurtado de Mendoza) el Perú comenzó a vivir una etapa de mayor tranquilidad y prosperidad, Finalmente, a lo largo del siglo XVIII, el virreinato del Perú sufrió un paulatino desmembramiento territorial que dio origen a los virreinatos de Nueva Granada y del Río de la Plata.
