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La historia de iglesia en América, durante el periodo de la conquista y la colonización, está estrechamente ligada al poder político, a través del patronato real. Este era el derecho perpetuo del Estado Español para intervenir en los asuntos eclesiásticos de América y que facultaba a las autoridades políticas españolas a cobrar diezmos, a presentar candidatos a cargos eclesiásticos a organizar la iglesia en América y a decidir sobre la construcción de iglesias, conventos, monasterios y hospitales.
Los reyes hispanos se preocuparon de enviar sacerdotes para cumplir con la misión de evangelizar.los sacerdotes fueron también exploradores, etnógrafos, colonizadores y civilizadores, ya que gran parte del conocimiento que se tiene hoy sobre los indígenas en el periodo colonial se debe a sus investigaciones y al interés de los religiosos por la lengua, leyes y costumbres de los aborígenes americanos. Crearon escuelas para indígenas y les enseñaron a leer y a escribir, los principios de la fe y además divulgaron la cultura europea por toda América.
Sacerdotes como Bartolomé de las Casas lucharon denodadamente por la defensa de los nativos, abogando por sus derechos y manifestando los abusos que los españoles muchas veces cometían con ellos. Gracias a esto, la Corona se preocupó de de dictar normas y leyes para proteger a los indígenas, aunque no tuvo resultados efectivos.
La Iglesia llegó a América con un único fin: "ganar para Dios almas", imponiendo su religión por encima de todas las cosas, y aquel que no aceptaba aquello como lo ordenaban, se le quitaba la vida. La posterior evangelización, las órdenes religiosas allí fundadas, y todos los frailes y monjas que acudieron "a la llamada de las Indias" fueron mucho más pacíficas que sus predecesores, pero el daño ya estaba hecho, y los indígenas "condenados" a convertirse al catolicismo. Pero hay que tener muy en cuenta la mentalidad de aquella época, pues para la mayor parte de los frailes el llevar su religión a aquellas tierras era una "bendición", un orgullo, servir a su Dios de aquella manera y dar a conocer a Jesús en un mundo desconocido.
Fray Alonso Gómez de Encinas, natural de Cuéllar, Segovia que hizo una "extraordinaria" labor evangelizadora, pero sobre todo humanitaria, teniendo gran cariño y compasión para con los indígenas, afecto compartido por los indígenas hacia él. En la isla de Puna (Perú) le llamaban los indígenas el "Papaz, porque bautiza y confiesa". Para la Iglesia es un mártir, pues fue brutalmente asesinado por una cuadrilla de holandeses, sólo por el hecho de ser católico. Le abrieron el pecho en canal con una espada y le sacaron las entrañas, burlándose de aquella agonía todos los piratas holandeses, que incluso los indígenas defendieron (al fraile) hasta que fueron reducidos por los holandeses.
Durante la época de la Conquista, los sacerdotes tenían como misión evangelizar a los indígenas y convertirlos al cristianismo, cumpliéndose con ello el propósito espiritual de la colonización Los sacerdotes que se establecieron en Chile fueron capellanes de ejército, los que participaron en combates más de una ocasión. posteriormente, se dedicaron a convertir a los aborígenes sometidos tras dichas guerras, y otros fueron misioneros en tierras de Arauco.