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A pesar de que los pepinos de mar son uno de las más seguros de los animales en el arrecife al tacto, los túbulos que algunos expulsan cuando se irrita, contienen una toxina que puede causar ceguera si entra en contacto con los ojos
Una vez que hemos definido qué es el pepino de mar, es momento de hablar acerca de sus características y lo primero que destaca es su piel, que puede tener una textura similar al cuero y con aspecto gelatinoso por lo que pueden confundirse con las babosas.
Estos animales pueden tener una longitud que varía según la especie. El promedio de tamaño se refiere a 20 centímetros de longitud, pero puede existir el pepino de mar muy pequeño, que solo mida 1 centímetro, así como unos ejemplares de muy gran tamaño llegando a alcanzar los 5 metros. Su diámetro varía entre los 24 y 25 centímetros. Su piel es de color marrón, negro o verde oliva, presentado una textura correosa.
En cada extremo del cuerpo del pepinillo de mar se encuentran la boca y el ano, y teniendo distribuidos en la parte inferior, por todo lo largo de su cuerpo cinco filas de pies. Además, todo su cuerpo está provisto por pies ambulacrales, que intervienen en procesos con funciones sensitivas. Los que se encuentran en la parte inferior están más desarrollados pues tienen una función locomotora.
La boca del pepino de mar está rodeada de muchos tentáculos pequeños, aproximadamente entre 10 a 30, que pueden ser simples, teniendo semejanza con los dedos, pinnados, es decir con forma de pluma o pueden ser peltados que se caracterizan por ser aplanados con una forma de placa.