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La fabricación de una vacuna es un proceso complejo con varias etapas rigurosamente controladas de inicio a fin. Esto se debe a que las vacunas son productos biológicos y se obtienen a partir de organismos vivos. Tienen que cumplir los máximos estándares de calidad y seguridad y para ello, entre otros requisitos deben realizarse en atmósfera controlada y en estrictas condiciones de asepsia.
Los controles son permanentes. Se realizan durante toda la cadena de producción, para garantizar la calidad de las materias primas, equipos, procedimientos y productos finales. Más del 70% del tiempo de elaboración de una vacuna se invierte en controles de calidad: análisis de pureza, eficacia, control microbiológico e inocuidad, son los se realizan sistemáticamente sobre cada lote de vacuna fabricada. Si un lote no responde a los criterios de calidad, no se distribuye. Para algunas vacunas, se realizan más de 50 análisis durante su fabricación.