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Los alineamientos, además de comparar secuencias, pueden usarse como estimadores de homología. A diferencia de funciones cuantitativas como la identidad o la similitud, la homología es una propiedad cualitativa binaria: se es homólogo o no. Como la evolución ocurre generalmente a nivel de ADN, realmente se habla de genes homólogos cuando se supone que son descendientes de un mismo gen ancestral, pero por extensión hablamos también de proteínas homólogas.
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