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El empleo de los biochips en este campo permite analizar de forma rápida los cambios de expresión génica que se dan durante la administración de un fármaco, así como la localización de nuevas posibles dianas terapéuticas y los efectos toxicológicos asociados a éste.
Seguimiento terapéutico. Los biochips también permiten analizar los rasgos genéticos que pueden tener incidencia en la respuesta a una determinada terapia. Puesto que cada individuo puede responder de forma distinta ante la terapia con un mismo fármaco, ocasionando distintas reacciones adversas, el análisis genómico de cada individuo permitirá analizar cuáles son los fármacos más óptimos para una terapia exitosa. Se trata de fármacos a «medida» del paciente, que es lo que se conoce como farmacogenómica.