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Cuando están dentro del agua, los anfibios adultos respiran a través de la piel, pero hay algunos, como los ajolotes, que además respiran por las branquias. En cambio, cuando salen a tierra, los anfibios toman aire por medio de sus pulmones y también por la piel.
Sin embargo, como ya se ha señalado, la mayor parte de los anfibios respiran a través de las branquias durante la fase larvaria acuática y tras la metamorfosis pasan a respirar a través de los pulmones y de la piel. Los pulmones de los anfibios son muy primitivos. Comparados con los de los amniotas (reptiles, aves y mamíferos) tienen pocos septos y grandes alveolos, por lo que cuentan con una superficie para el intercambio de gases relativamente pequeña. La tasa difusión es, por ello, baja. La excepción la constituyen las cecilias, un grupo de anfibios tropicales que viven dentro del suelo o de la hojarasca y cuyas especies carecen de extremidades. Tienen un único pulmón muy largo (recorre el 70% de la longitud corporal) con un alto grado de compartimentación y, por lo tanto, con numerosos alveolos.