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Los síntomas clínicos debidos a lesiones del hipotálamo pueden ser, igual que ocurría con la anatomía y la fisiología, muy variados y difíciles de sistematizar. Debido al pequeño tamaño del hipotálamo y a que todos los núcleos están muy próximos entre sí, es posible que nos encontremos lesiones que puedan afectar a varias estructuras al mismo tiempo, por lo que muchas veces la localización de la lesión anatómica no puede realizarse con precisión.
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