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Un problema que ya se había difundido entre los fisiólogos era la controversia entre mecanicistas y vitalistas. Entre las varias cuestiones que se planteaban se encontraba la digestión de los alimentos: ¿consistía en un proceso mecánico o químico? Para quienes querían encontrar explicaciones mecánicas a todos fenómenos del cuerpo humano (el más destacado representante de esta idea era Giovanni Borelli {1608-1679}), la trituración de los alimentos era el proceso más importante de la digestión. Para los que pensaban que los fenómenos químicos prevalecían, debía existir “algo” que digiriera los alimentos. Este planteo ya había sido introducido por Paracelso (1450-1543). En 1752, un físico francés, René-Antoine Ferchault de Réaumur (1683-1757) hizo tragar a un halcón unos cilindros metálicos que estaban cubiertos en ambos extremos con una tela, también metálica, y que contenían carne en su interior. Réaumur esperó a que el halcón regurgitara los cilindros y pudo comprobar su hipótesis: la carne estaba parcialmente disuelta. Esto indicaba que no había sido afectada por un proceso mecánico, pues los cilindros estaban intactos. En otro experimento hizo tragar al halcón una pequeña esponja y así, al ser regurgitada, obtuvo jugos gástricos. Con estos jugos pudo disolver la carne. Estos resultados no descartaban, sin embargo, que los músculos ejercieran un tipo de acción mecánica. En ambas posturas, la de la prevalencia de los procesos químicos y la de los procesos mecánicos, se consideraba que la digestión ocurría sólo en el estómago. Lázaro Spallanzani (1729-1799), quien sería protagonista de una célebre disputa sobre la generación espontánea, retomó los experimentos de Réaumur y los repitió de manera más amplia. Estudió la digestión realizando experimentos con animales y sobre su mismo cuerpo, provocándose vómitos en ayunas para obtener sus propios jugos gástricos. Comprobó así que el jugo gástrico es el agente responsable de la transformación de los alimentos. Spallanzani no llegó a determinar que estos jugos eran de naturaleza ácida; pensaba que la acidez se debía a un estado patológico. Más tarde, el médico militar norteamericano William Beaumont (1783-1853) tuvo la oportunidad de curar a un hombre herido en el estómago y en el tórax por una explosión. Beaumont llevó al hombre a su casa. Mediante una fístula que le puso en el estómago pudo experimentar con los jugos gástricos y observar su estómago en las condiciones más diversas. Estas observaciones se prolongaron hasta 1833, año en que publicó sus conclusiones. Entretanto se había avanzado bastante en el conocimiento de la digestión, de los órganos en los que ocurre y de las sustancias que participan en el proceso. Entre los científicos que formaron parte de estas investigaciones se encuentra Theodor Schwann (1810-1882), quien años más tarde participaría en la formulación de los postulados de la teoría celular. Schwann describió la pepsina y las investigaciones siguieron con Claude Bernard (1813-1878), quien demostró que la digestión no ocurre en su totalidad en el estómago.
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