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La principal diferencia es que en un microscopio estereoscópico la muestra es observada en tres dimensiones mientras que en la lupa binocular la imagen observada es bidimensional. Esto es así porque en el microscopio estereoscópico las imágenes que llegan a cada uno de los dos oculares son ligeramente distintas mientras que en la lupa binocular la imagen es exactamente la misma en los dos oculares.
La confusión existe porque los microscopios estereoscópicos tienen siempre dos oculares y, por lo tanto, no es incorrecto decir que un microscopio estereoscópico es binocular. Sin embargo, la afirmación inversa es falsa ya que una lupa binocular no es necesariamente estereoscópico.
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