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Concluidos sus estudios secundarios, ingresó en 1877 en la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, iniciando sus estudios en la Facultad de Medicina en 1881. Por aquel entonces, y gracias a la labor de investigadores como Louis Pasteur y Robert Koch, empezaba a consolidarse entre la comunidad médica la teoría del origen microbiano de las enfermedades infecciosas; Daniel Alcides Carrión se propuso descubrir el origen de la verruga peruana, una enfermedad conocida desde los tiempos de los incas.
La temprana muerte de Daniel A. Carrión fue consecuencia de haberse hecho inocular voluntariamente un brote de verruga peruana con el objetivo de demostrar experimentalmente que era una dolencia transmisible; por esa razón sería declarado mártir de la medicina peruana. Antes de morir, el mismo Carrión anotó sus observaciones sobre la naturaleza y síntomas de esta enfermedad en su propio organismo después de la inoculación. Estos apuntes permitieron hacer grandes avances en las investigaciones sobre la enfermedad. En 1886, al cumplirse el primer aniversario de su fallecimiento, la enfermedad en cuya lucha inmoló su vida fue denominada enfermedad de Carrión.
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