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"Eu" significa "bueno, verdadero" y "cariontes" significa "nuez", haciendo referencia al núcleo celular. Así, Eucariota significa "verdadero núcleo" o "de núcleo visible". "Pro" significa "antes de". Procarionte significa "antes del núcleo", haciendo referencia a que en las células procariotas no hay núcleo.
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