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La CVR ha estudiado los gobiernos de Fujimori (1990-1995 y 1995-2000) y lo acontecido durante la década de los noventa desde un plano ético-legal que reconoce la enorme popularidad que él y su discurso alcanzaron. Pero señala clara y enfáticamente las responsabilidades políticas halladas sobre el régimen de Fujimori recaen, teniendo como marco los principios establecidos en la Constitución Política de 1979 -vigente hasta el golpe de 1992-y la de 1993, promulgada durante su primer gobierno.
A diferencia de lo ocurrido con los gobiernos de la década de los ochenta, durante los dos períodos de gobierno de Alberto Fujimori se encuentra una relación funcional entre poder político y conducta criminal. Desde el gobierno, intencional y progresivamente, se organiza una estructura estatal que controla los poderes del Estado, así como otras dependencias clave, y utiliza procedimientos formales/ legales para asegurar impunidad para actos violatorios de los derechos humanos, primero, y de corrupción después.
En sentido estricto, el nuevo gobierno no ideó una nueva estrategia contrasubversiva. Más bien, aceptó proseguir con la estrategia "integral" de las Fuerzas Armadas (FFAA) -aplicada unilateralmente desde 1989-aunque ampliando los márgenes de autonomía y discrecionalidad de las mismas y reduciendo, a la vez, las posibilidades de control democrático de sus actos. Mientras que el gobierno ultimaba los detalles de la estrategia para hacer viables políticamente los cambios legales necesarios (es decir, asegurar un respaldo mayoritario en la población), se dejó a los policías de la Dirección Contra el Terrorismo (DIRCOTE) continuar con su trabajo.
Incluso antes de haber iniciado formalmente su gobierno, Alberto Fujimori, persuadido por Montesinos, asumió el Plan Político-Militar elaborado por un sector de las FFAA para la puesta en marcha de un sistema de democracia dirigido. Sin embargo, alteró su diseño original de acuerdo a los intereses inmediatos planteados por el asesor presidencial. El cambio central consistió en incrementar la importancia y poder efectivo que tendría el Servicio de Inteligencia Nacional (SIN) dentro de la nueva estructura organizativa del sistema de defensa nacional y del sistema de inteligencia nacional.
En efecto, Fujimori desborda a este sector de las FFAA porque mantuvo como presidente un juego político propio, no considerado en el Plan original (en el que se esperaba una figura de fachada intercambiable). Fujimori logra obtener un respaldo social y político personificado que lo hace imprescindible, como se evidenció después durante los diferentes comicios municipales en los que sus candidatos no lograron capitalizar su popularidad.
Con la dación de los decretos legislativos de noviembre de 1991 y la revisión de los mismos por el Congreso se inició la cuenta regresiva para la justificación pública del autogolpe. En este escenario, los partidos trataron de consensuar una política antisubversiva diferente. Sin embargo, Fujimori solamente los distrajo con la posibilidad de concertación (y engañó a quienes desde el gabinete la dirigieron) pues ya tenía definido, con anterioridad, dar el golpe de Estado que finalmente concretó el 5 de abril de 1992 con respaldo institucional de las FFAA. En realidad, solamente buscaban hacer tiempo mientras concretaban los últimos detalles del plan de golpe y llegaban a buen puerto las negociaciones con organismos financieros internacionales y, especialmente, con los EEUU para asegurar el apoyo militar y económico condicionado a una mejora en el respeto de los derechos humanos y las formas democráticas.
A partir del golpe, el escenario político dará un brusco giro. Sin Congreso, se abrirá una etapa de por lo menos 9 meses en el que el Ejecutivo gobernará y producirá profundas transformaciones en la estructura organizativa y legal del Estado a través de Decretos Ley elaborados desde el SIN, en coordinación con las FFAA. Especial atención merecen los cambios radicales de la legislación antiterrorista y las consecuencias que ello implica: el giro hacia la preeminencia de otros tipos de violaciones de los derechos humanos que no comprometen la vida misma, pero que se practican sistemáticamente. En esos nueve meses, sin ninguna instancia de control, se perpetraron una serie de conocidos casos de violaciones de los derechos humanos a manos de las fuerzas del orden y de un grupo de operaciones especiales dirigido desde el SIN (el grupo "Colina"), a consecuencia de los cuales varias personas perdieron la vida.