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Esencialmente, la estructura del flagelo (al igual que la del cilio) es de una forma cilíndrica, de diámetro uniforme en toda su longitud, con una terminación redondeada, semiesférica. Su núcleo es un cilindro de nueve dobletes de microtúbulos que rodean a otros dos centrales.
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Son apéndices largos y delgados de unos 5-10 micras de longitud y 20nm de diámetro. En las bacterias, es un apéndice de movibilidad en forma de látigo presente en la superficie de algunas especies. Los flagelos están compuestos de una proteína llamada flagelina.
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