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En 1765, el fraile Pedro Manuel Chaparro (c.1740-1811) fue pionero en inocular el pus de la viruela en Chile. Esta práctica se dio en distintos lugares del mundo antes que, en 1796, el científico Edward Jenner probara la efectividad de inyectar el virus de vacas infectadas con viruela en seres humanos para inmunizarlos. En 1803 la monarquía española envió a sus colonias hispanoamericanas la Expedición Filantrópica de la Vacuna, la que tenía el objetivo de difundir este método preventivo.
En 1805 el Virrey de la Plata, Rafael de Sobremonte (1745-1827), recibió el fluido en Montevideo por medio de un comerciante de esclavos que venía desde Brasil. Ese mismo año el Virrey envió a Chile la primera vacuna contra la viruela. Dos años más tarde, en 1807, la Expedición Filantrópica de la Vacuna llegó a Chile. Junto con esta expedición llegó al país Manuel Grajales, quien en 1808 creó la Junta Central de la Vacuna, institución que se encargó de propagar y administrar este método preventivo en el país. La Iglesia Católica también jugó un papel relevante en la difusión de la vacuna tanto en Chile como en Hispanoamérica, especialmente ante el rechazo social que recibió de una parte importante de la población chilena.
Como respuesta a las epidemias de viruela que sufrió Chile durante el siglo XIX y hasta 1923, autoridades y médicos como Adolfo Murillo debatieron sobre la necesidad de contar con una Ley de Vacunación Obligatoria que asegurara la inmunización de la población chilena contra esta enfermedad. Sin embargo, esta medida fue rechazada en repetidas ocasiones por parlamentarios e intelectuales de ideología liberal como Alfredo Helsby, que consideraron que la vacuna era un fracaso y que atentaba contra las libertades individuales.
Estas discusiones en torno a la conformación de una política de vacuna para la población reflejaron que este no fue solo un tema médico, sino también político y social. De acuerdo a la historiadora Paula Caffarena, "a través del análisis de la propagación de la vacuna y de la reacción que las autoridades tuvieron frente a las epidemias de viruela, es posible vincular, por un lado, el surgimiento de las primeras políticas de salud pública con el proceso de organización del Estado y la nación y, por otro, una realidad local, como es Chile, con un escenario mundial de interconexiones" (Viruela y vacuna. Difusión y circulación de una práctica médica.