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Existen diversas especies de flora, según la región de que se trate: en las partes altas predominan el pino, roble, encino, arrayán; en los valles hay especies forrajeras y frutales como mango, papaya, tamarindo, palma de coco; mientras que la costa cuenta con guamúchil, guayacán, mezquite, chicalite, crucillo y mangle. De este último podemos encontrar dos clases: el mangle blanco y el mangle rojo. Ambos juegan un papel muy importante en la preservación del equilibrio en los ecosistemas que se refieren al estero, que es donde se une el mar con agua dulce, además de que es una irreemplazable barrera natural contra posibles tsunamis, huracanes e inundaciones.
Por otra parte las palmas de coco (o palmeras, como se les conoce comúnmente en este Estado) son por excelencia uno de los principales símbolos colimenses y puede encontrárselas prácticamente en todo el Estado.