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Sus investigaciones o estudios eran mayormente de la biología marina.
En 1866 anticipó el hecho de que la clave de los factores hereditarios reside en el núcleo de la célula. Provocó una fuerte controversia al proponer que todos los animales multicelulares se originaron a partir de un ser hipotético, a la vez endodermo y ectodermo, al que denominó gastraea.
Muy valiosas fueron sus aportaciones al estudio de los invertebrados, como las medusas, los radiolarios, los sifonóforos y las esponjas calcáreas, entre otros. Fue también el primero en distinguir entre seres unicelulares y pluricelulares y entre protozoos y metazoos. Ferviente seguidor de Darwin, en Morfología general de los organismos (1866) presentó sus ideas sobre la evolución de las especies, pero la comunidad científica apenas prestó atención a su obra
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