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Conocido en la Historiografía Colombiana como la Expedición Botánica, sus objetivos científicos dieron como resultado la herborización y clasificación de 20 000 especies vegetales y 7000 animales de un territorio que corresponde con la actual república de Colombia, la fundación del observatorio astronómico
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La Expedición Botánica fue un proyecto en el que trabajaron personas de muchas profesiones, no solo en aspectos como la botánica y medicina, también la geografía, política, astronomía, zoología, minería, artes, entre otros. Con una duración de treinta años, fue el proyecto mas caro para la Corona de España, pero fue uno de los que mas conocimiento produj. Durante la Expedición y gracias al trabajo de más de 40 artistas, se produjeron aproximadamente 6700 folios de imágenes de plantas y 700 anatomías florales.
José Celestino Mutis y sus colaboradores, descubrieron la quina en el Nuevo Reino de Granada, así como el té de Bogotá; las propiedades del guaco o bejuco como preservativo contra mordeduras de serpientes, la yuca, la papa y la ipecacuana del río Magdalena. Hizo ensayos para aclimatar el canelo, el anís y la nuez moscada. Igualmente descubrió varias minas. Además de eso, impulsó la idea de sacar los cementerios a las afueras de las ciudades, como medida de higiene .