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Una profunda fe en Dios, en la Virgen María y en la corte celestial alumbró el mundo espiritual del conquistador y del criollo. La inspiración espiritual reposaba también en una acentuada fidelidad al magisterio de la Iglesia. La estrecha unión con el Estado confundió los fines de ambos que aparecieron, por así decirlo, actuando en un solo sentido. Esta comunión provenía desde tiempos remotos, cuando la religión había hecho posible la unificación de España.
Fueron en su mayor parte teólogos españoles los que fijaron en el Concilio de Trento la nueva disciplina y organización de la Iglesia y la fundación de la Compañía de Jesús por el vasco Ignacio de Loyola . Había una nueva cruzada y España mantuvo un fervor místico que aparecía totalmente decaído en el resto de Europa.
La teología fue el cauce inspirador de las grandes decisiones y el gobierno, las leyes y en alguna forma la economía, debieron amoldarse a sus dictámenes.
La Iglesia como institución tuvo una importancia capital en el mundo colonial, compartió directa o indirectamente con las autoridades civiles las responsabilidades de gobierno. La Iglesia estuvo vinculada al Papado y a la monarquía. Los reyes en su calidad de católicos amparaban y apoyaban a la Iglesia, a la vez que tenían algunos derechos sobre ella. Es lo que se ha denominado Derecho de Patronato .
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