Respuestas
La guerra contra Rosas
Fue perdonado por el nuevo gobernador, Tomás Brizuela, y cuando este se unió a la Coalición del Norte contra -el también federal, aunque porteño- Juan Manuel de Rosas, en defensa de la autonomía de su provincia, fue un importante apoyo.3 Los unitarios le impusieron como segundo jefe al coronel Joaquín Baltar, que resultó una pésima influencia. Apoyó la campaña de Juan Lavalle en su provincia, y acompañó a Gregorio Aráoz de Lamadrid —su antiguo enemigo— en su campaña contra San Juan y Mendoza. En la batalla de Rodeo del Medio, la influencia de Baltar le impidió combatir, y fue una de las causas de la derrota. Tuvo que huir a Chile en 1841.
Al año siguiente regresó como parte de una campaña organizada por los exiliados unitarios desde Chile. Iba acompañado por Yanzón y el coronel Santos de León. La campaña había sido pésimamente preparada, basada en falsas noticias de sublevaciones contra Rosas; si bien el prestigio de Peñaloza les permitió obtener algunos éxitos, esto provocó la reacción del gobernador de San Juan, Nazario Benavídez, que lo persiguió hasta Tucumán y lo derrotó. De todas formas, Peñaloza regresó a Los Llanos, donde fue derrotado por segunda vez por Benavídez, en Illisca; y por segunda vez huyó a Chile.
Dirigió una segunda invasión en 1845 y derrotó al gobernador riojano. Pero, entendiendo que su causa no tenía sentido, pidió y obtuvo protección de Benavídez. Éste lo envió en 1848 —con el rango de comandante de milicias— a deponer al gobernador riojano Vicente Mota. Tras lograr su cometido, nombró en su lugar a Manuel Vicente Bustos, que lo nombró comandante de Los Llanos.