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Chytridiomycota
Los hongos que agrupa el filo Chytridiomycota tienden a ser estructuralmente poco complejos morfológicamente, tienen hábitats acuáticos como estuarios, arroyos y cuerpos de agua marinos, que les permiten tener movilidad al estadio reproductivo. La espora o forma reproductiva, se presenta en forma de zoospora con un único flagelo y esta puede quedar en estado inactivo por mucho tiempo dependiendo las condiciones ambientales.
Glomeromycota
El filo Glomeromycota tiene como particularidad agrupar las especies más antiguas en el registro fósil y forman asociaciones simbióticas con las plantas. Dichas especies, que forman un micelio adyacente al rizoma de las plantas, son conocidas como micorrizas. Las micorrizas liberan enzimas al suelo que catalizan compuestos y los hacen biodisponibles para ser absorbidos por la planta, de allí, se deriva que el 80% de las plantas terrestres requieran la asociación simbiótica con micorrizas. El carácter taxonómico relevante del grupo es la generación de esporas multinucleadas para la reproducción sexual.
Zygomycota
La división mayoritariamente conocida en orden cronológico es Zygomycota, que presenta un carácter primitivo de hifas sin separaciones (aceptadas) y multinucleadas. El grupo tiende a presentar reproducción sexual, donde se fusionan dos hifas compatibles y forman un cigoto, que se convierte en el esporangio que liberará las esporas. Las esporas de los Zygomycota pueden presentar sustancias poliméricas, que le permiten a la espora resistir condiciones adversas y recuperar la viabilidad cuando las condiciones son propicias.
Ascomycota
El filo Ascomycota es la división del reino Fungi en la que se han descrito mayor cantidad de especies fúngicas, tiene como generalidad agrupar un gran número de especies patógenas para animales y plantas. El filo agrupa levaduras, pero dada la morfología del micelio, permite agrupar a muchas especies de hongos filamentosos, debido a las divisiones (septos) que se presentan en las hifas, a su vez, pueden presentar cuerpo fructífero o no, y las esporas se presentan aplanadas (ascoesporas) y agrupadas en sacos llamados ascas.
Basidiomycota
Basidiomycota es la segunda división más grande, ya que comprende en la actualidad cerca de 32000 especies descritas. La morfología del filo es variable y muchos organismos han sido clasificados en otras divisiones del reino Fungi, pero reubicados gracias a estudios genómicos. Característicamente, el grupo forma exoesporas en un cuerpo fructífero llamado basidio y que generalmente se denominan seta.
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