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El método para clasificar las especies de hongos en grupos involucra dos aspectos:
Método fenético: las especies se agrupan según sus atributos fenotípicos. Es una clasificación no evolutiva.
Método filogenético: se clasifican sólo las entidades que tienen relaciones evolutivas entre ellas. Esto implica considerar que los seres vivos están conectados por una historia evolutiva que refleja relaciones ancestro-descendiente, hay estructuras que los descendientes de un mismo ancestro deben compartir ( estructuras homólogas).
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