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permitieron así realizar varios ensayos importantes, especialmente aquellos sobre las Ascidiacea, que resolvería el problema de los organismos que Johannes Peter Müller descubrió pero no pudo catalogar, y de la morfología de los cefalópodos.
Huxley dimitió de la marina, y en julio de 1854 comenzó como conferenciante en la escuela de Minas y naturalista en el Estudio Geológico del siguiente año. Su investigación más importante de este periodo fue la conferencia entregada antes a la Royal Society en 1858 de The Theory of the Vertebrate Skull (La Teoría vertebral del cráneo).
En esta se oponía a la visión de Richard Owen de que los huesos del cráneo y la espina dorsal eran homólogos, una opinión que mantuvieron previamente Goethe y Lorenz Oken.