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El fitoplancton se encuentra en la base de la cadena alimentaria de los ecosistemas acuáticos, ya que sirve de alimento a organismos mayores; es decir realiza la parte principal de la producción primaria en los ambientes acuáticos, sobre todos los animales marinos.
el plancton es consumido por peces, mamíferos, crustáceos, aves y otros animales, por lo que el plancton, como conjunto, se sitúa en la base de la pirámide trófica de los ecosistemas marinos, dulceacuícolas e incluso terrestres, pues son el alimento de muchas aves limícolas.
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