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Aunque algunas bacterias pueden ser patógenas para el hombre, el efecto protector del sistema inmune hace que la gran mayoría de ellas sea inofensiva o beneficiosa. Muchas otras bacterias se encuentran como simbiontes en seres humanos y en otros organismos. Por ejemplo, en el tracto digestivo proliferan unas mil especies bacterianas. Sin te tizan vitaminas tales como ácido fólico, vitamina K y biotina. También fermentan los carbohidratos complejos indigeribles y convierten las proteínas de la leche en ácido láctico (por ejemplo, Lactobacillus) (5,6,7). Ade más, la presencia de esta flora intestinal inhibe el crecimiento de bacterias potencialmente patógenas (generalmente por exclusión competitiva). Muchas veces estas bacterias beneficiosas se venden como suplementos dietéticos probióticos (8).
Algunas especies bacterianas incluso son beneficiosas desde el punto de vista de la higiene personal. El grupo de Anesti y col. reportó en el año 2005 la presencia de bacterias metilotróficas en la lengua, encía y placa supragingival de un cierto número de pacientes en Londres. Estas bacterias comprendían cepas de Baci llus, Brevibacterium casei, Hyphomicrobium sulfonivorans, Me thylobacterium, Micrococcus luteus y Variovorax para doxus, y eran capaces de consumir los compuestos metilo responsables del mal aliento que son producto de la degradación natural de aminoácidos sulfurados en la boca. Hasta ese momento no se había reconocido que las bacterias metilotróficas eran parte de la flora bucal normal, y que bajas concentraciones de éstas en la boca pueden estar asociadas al mal aliento (9).
Otro descubrimiento revolucionario en lo respectivo a la interacción positiva entre las bacterias y los humanos viene reflejado en investigaciones recientes que indican que la colonización de la persona con cierto tipo de bacteria puede tener un efecto protector contra el VIH. Estas bacterias son ciertos tipos de cepas de Lactobacillus productores de peróxido de hidrógeno10, los cuales se encuentran normalmente en la cavidad oral y vaginal sin ocasionar ningún tipo de patología, pero sin embargo atacan al VIH debido a que su fuente preferencial de alimento es la manosa que recubre a este virus. Debido a la alta tasa mutacional del VIH, el desarrollo de vacunas contra él ha sido infructuoso, por lo que el método de inocular las mucosas donde normalmente ocurre la transmisión del virus con Lactobacillus que lo capturen podría convertirse en un método económico y eficiente para prevenir la diseminación del HIV, sobre todo si se logra modificar genéticamente estas cepas de forma que inactiven al virus de la forma más eficiente posible (11).