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La patagonia extra-andina tiene un climas árido(seco) y semiárido donde la temperatura rara vez supera los 12 ° C y las medias tan sólo 3 °C. La región experimenta unos 7 meses de invierno y 5 meses de verano. Los Andes, al oeste del desierto, son la razón principal para el estado del desierto patagónico, ya que inhiben el flujo de humedad del oeste del sur del Pacífico de alcanzar el interior. Esto crea una sombra de lluvia que da cuenta de la formación del desierto y es por eso, a pesar de aproximadamente la mitad del desierto que sólo unos 200 kilómetros del mar, como un gran desierto se encuentra en la región. La corriente fría de Malvinas fuera la costa atlántica de América del Sur también contribuye a la aridez de la zona.
A pesar de las condiciones ambientales hostiles, muchas especies de animales se han adaptado a vivir en la Patagonia. Algunas sólo viven en la periferia más habitable y geográficamente más variada de la ecorregión. La lechucita vizcachera, el ñandú petiso o choique, el guanaco, el tuco-tuco patagónico, la mara, el pichi, la comadrejita patagónica, el hurón menor, el zorrino patagónico, el puma, el zorro gris patagónico o chilla, la iguana del desierto, y varias especies de águilas y halcones son algunas de las especies de animales que habitan en la región.
El clima imperante en la región es árido y frío, con vientos del Oeste que soplan a gran velocidad. Las precipitaciones inferiores a 300 mm son invernales y se producen en forma de nieve. Existe un gran contraste entre la duración del día estival (16 horas de luz) y el invernal (8 horas) en el extremo austral de la región. La sequedad y el viento imprimen a la vegetación un carácter uniforme, predominando la estepa arbustiva fuertemente aferrada al suelo, en la que predominan las formas en cojín. Las riberas de los ríos pueden estar acompañadas por un monte de sauces, en galería; en los bajos húmedos crecen los mallines y en Tierra del Fuego las turberas. Las condiciones del suelo, el clima y la vegetación han determinado el escaso poblamiento de la Patagonia. El recurso más importante es la ganadería, con la cría extensiva de ovinos con prácticas trashumantes, predominando las razas Corriedale y Merino. Esta actividad determinó el establecimiento de puertos sobre el litoral, para atender sus necesidades, radicándose en ellos posteriormente, la industria frigorífica y en tiempos más recientes la actividad pesquera, que incluye la explotación de algas, peces, crustáceos y mamíferos marinos.
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