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En estos ecosistemas viven algas verdes, algas rojas y algas pardas o cafés. Además de los corales, una gran cantidad de especies como isópodos, anfípodos, poliquetos, anémonas, esponjas, moluscos, crustáceos, gran cantidad de peces de diferentes formas y tamaños viven en los arrecifes.
Los arrecifes de coral son elevaciones en el fondo marino conformadas por la acción biológica de organismos denominados pólipos de coral. Estas estructuras biológicas se encuentran a baja profundidad en mares tropicales con temperaturas entre 20 y 30 ºC.
Los pólipos de coral pertenecen a la clase Anthozoa (filum Cnidaria) y poseen una anatomía simple. Presentan una simetría radial y un cuerpo con una cavidad dividida por tabiques y conformada por dos capas de tejido.
El cuerpo del coral tiene una única abertura al exterior o boca que sirve tanto para alimentarse como para excretar. En torno a la boca tienen una serie de tentáculos urticantes con los que capturan a sus presas.
Existen corales blandos y corales duros, estos últimos son los que forman los arrecifes de coral. La dureza viene dada porque forman una capa de calcita (carbonato cálcico cristalizado) sobre el cuerpo.
Estos pólipos forman extensas colonias combinando propagación sexual y asexual y para su desarrollo requieren aguas saladas, cálidas, claras y agitadas. El desarrollo de estas colonias va creando una estructura que se establece como un refugio contra las corrientes y se comporta como un atractor de vida y nutrientes.
Dependiendo de las condiciones geológicas y la dinámica ecológica del área se forman tres tipos básicos de arrecifes de coral. Uno es el arrecife de coral litoral que se forma a lo largo de la línea de costa.
Los otros tipos son el arrecife de coral de barrera ubicado lejos de la costa y el atolón (isla formada por un anillo de arrecife de coral y una laguna central).
En los arrecifes habitan diversas especies de algas clorófitas, macroalgas (pardas, rojas y verdes) y algas coralinas. La fauna cuenta con numerosas especies de corales, peces, invertebrados, reptiles (tortugas) e incluso mamíferos acuáticos como el manatí.
Entre los invertebrados están caracoles, pulpos, calamares, camarones, estrellas de mar, erizos de mar y esponjas marinas.
Los arrecifes de coral más importantes del mundo son el Triángulo del Coral del sudeste asiático y la Gran Barrera de Coral de Australia. De igual manera el Arrecife de Coral Mesoamericano-Caribe y el Arrecife de Coral del Mar Rojo.