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Para clasificar a estos organismos nos atendremos a las indicaciones de la X edición del famoso Dictionary of the fungi, publicado por CAB INTERNATIONAL en 2008. De todos modos, en ocasiones seguiremos otros criterios. Recomendamos visitar el sitio web del Árbol de la Vida (en inglés) para estar al día de las novedades en la clasificación de los seres vivos.
Antes de entrar en materia, amable internauta, he aquí una advertencia. Si no eres biólogo, necesitarás conocer una serie de términos que se suelen emplear a la hora de catalogar, ordenar y clasificar las especies de seres vivos (comenzando por el propio concepto de especie, cómo no). Haz clic aquí, si eres tan amable (página de Taxonomía).
Por supuesto, el concepto de hongo, así como la idea de su papel en la naturaleza, ha variado a lo largo del tiempo. Se los ha considerado vegetales, descendientes de las algas rojas, un reino aparte... Haciendo clic aquí (página de Clasificación) podremos ver, a grandes rasgos, cómo ha variado la clasificación de los hongos en los últimos tiempos. Esto es un reflejo de nuestro mejor conocimiento del mundo que nos rodea. Además, en dicha página también se incluye un cladograma (recordemos: el tipo de árbol de la vida elaborado por cladistas) donde se resume la filogenia de los distintos taxones fúngicos.
Actualmente pensamos que los hongos constituyen un grupo polifilético, es decir, compuesto por linajes de organismos no emparentados entre sí. En otras palabras, los micólogos hemos venido estudiando a criaturas bien diferentes, que no constituyen un único clado (si estos términos no te suenan, amable internauta, te remitimos a la página de Evolución). De hecho, se agrupan en 3 reinos diferentes, según la X edición del Dictionary of the Fungi:
Reino Protozoa: Protozoos. Es un reino que incluye a seres tan conocidos como los paramecios o las amebas. Casi todos los integrantes de la antigua div. Myxomycota se agrupan aquí. Son organismos que no presentan pared celular y se alimentan por fagocitosis. En otros libros, como Alexopoulos et al. (1996), se duda que los distintos grupos de hongos ameboides sean monofiléticos.
Reino Chromista: Incluye a protistas con mitocondrias de crestas tubulares y con células cuyos flagelos presentan una especie de pelillos adosados llamados mastigonemas. Aquí se pueden encontrar las algas pardas, las diatomeas... y algunos hongos, que en realidad descienden de algas que han perdido la clorofila, como los mildius, y también algunos hongos que antes se incluían en Myxomycota, como los labirintulales. En general, las paredes celulares de estos seres no presentan quitina ni glucanos. Alexopoulos et al. (1996) denominan a este reino Stramenopila.
Reino Fungi: Son los hongos verdaderos, con paredes celulares de quitina y glucanos. Están más emparentados con los animales que con las plantas. Incluye a Chytridiomycota (los quítridos, que antes se metían en Mastigomycotina), Zygomycota, Glomeromycota, Ascomycota y Basidiomycota. Los hongos imperfectos o mitospóricos (asexuales) ya no constituyen un grupo aparte, sino que se conectan con grupos ya existentes.
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