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Tras el encuentro en Guayaquil, San Martín renunció a todos sus cargos, viajó a Chile y, posteriormente, pasó a Mendoza, donde permaneció unos meses.
La proximidad de la puja de facciones en Chile lo decidió a tomar distancia. Se trasladó a Buenos Aires, junto con su hija Mercedes que estaba al cuidado de su abuela, doña Tomasa de la Quintana de Escalada.
Esta ciudad le era hostil al General, por lo que no demoraría demasiado su partida al exilio. Aprovechó para saludar a su familia y a algunos amigos.
Tomó a su pequeña hija, su baúl de cuero, en el cual llevaba todos los títulos y honores, y emprendió el viaje rumbo a Europa.
Sus planes consistían en dedicarle una buena educación a su hija y llevar una vida tranquila en alguna ciudad europea.
Fue el 17 de agosto de 1850 en Boulogne-sur-Mer, Francia, a las tres de la tarde. Aunque la salud de San Martín estaba resentida en los últimos tiempos, para su médico personal, su hija Mercedes y su yerno Mariano Balcarce su fallecimiento fue sorpresivo. Esa misma mañana se había levantado y hasta había almorzado con ellos. Pero repentinamente se sintió muy mal. El desenlace fue muy rápido.