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La prueba más simple y rotunda procede de la reconstrucción filogenética. Este tipo de reconstrucción, sobre todo cuando se hace con secuencias de proteínas de evolución lenta, suele ser bastante convincente y se puede utilizar para reconstruir una buena parte de la historia evolutiva de los organismos modernos (e incluso en ocasiones, de organismos extinguidos, como en el caso de las secuencias genéticas recuperadas de mamuts y neandertales). Estas filogenias reconstruidas recopilan las relaciones establecidas a través de estudios morfológicos y bioquímicos. Las reconstrucciones más detalladas se basan en los genomas mitocondriales compartidos por todos los organismos eucariotas, cortos y fáciles de secuenciar. Las reconstrucciones más generales se elaboran utilizando secuencias de un reducido grupo de proteínas muy antiguas o de ARN ribosómico.