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Carrera médica
En 1850 acompañó a Egipto a su antiguo profesor, Wilhelm Griesinger, siendo nombrado el primer jefe de cirugía en la Escuela Médica Kasr-el-Aini y el Hospital Kasr El Aini de El Cairo. Allí también desempeñó el cargo de experto en el departamento de medicina interna, y sirvió en el ejército donde obtuvo el rango de teniente coronel (Kaimakam)1 En 1851, Bilharz descubrió el gusano cestodo Hymenolepis nana viviendo en el intestino delgado de un paciente egipcio.3 También en 1851, durante una autopsia, descubrió el gusano trematodo causante de la esquistosomiasis urinaria, nombrándolo inicialmente Distomum haematobium. Posteriormente descubrió que solo una de las ventosas del parásito tenía cavidad oral,4 y en 1856 Heinrich Meckel von Hemsbach propuso que el organismo fuese rebautizado como Bilharzia haematobium.1 En 1858 Weinland propuso el nombre de "Schistosoma" (en griego: 'cuerpo hendido') debido a la morfología de los gusanos macho, y el nombre Schistosoma haematobium fue oficialmente adoptado por la Comisión Internacional de Nomenclatura Zoológica.4 En 1853 Bilharz fue nombrado jefe del departamento de medicina, y en 1856 fue nombrado profesor de anatomía.
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