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Las células eucariotas probablemente evolucionaron hace 2 mil millones de años. Su evolución está explicada en la teoría endosimbiótica. Las mitocondrias y los cloroplastos evolucionaron desde organismos procariontes. Las eucariotas siguieron evolucionando en la diversidad de eucariotas que conocemos hoy.
Se denomina eucariogénesis al complejo proceso que condujo al origen de los eucariontes. La idea general considera que los eucariontes tienen un origen procariota, toda vez que los procariontes son organismos más simples y relacionados con el origen de la vida, sin embargo no hay acuerdo sobre los procesos que implicaron la aparición de la primera célula eucariota, postulando muchas teorías que pueden dividirse en dos grupos: teorías simbiogenéticas y teorías autógenas.1 A la luz de los conocimientos actuales, la teoría más aceptada se encuentra dentro del primer grupo y es la que implica la fusión biológica por endosimbiosis de al menos dos organismos procariotas diferentes: una arquea y una bacteria.2