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Eso ocurre con todos los idiomas. Tienen diferentes acentos por región, debido a cambios culturales, separación de los territorios, surgimiento de nuevos sinónimos, etc.
Además, como el español se introdujo hace apenas un par de siglos en América, es natural que sufriera alguna modificación, debido a que los aborígenes, al no ser hispanohablantes nativos, lo adaptaron a su dicción. Luego, incorporaron palabras de su propio idioma al español.
Por eso es que a veces en el español de Latinoamérica hay letras que suenan igual, aunque no necesariamente sea así en el español de España (valga la redundancia).
Practicando ejercicios y consultando las dudas que tengas. Ayuda mucho saber relacionar una palabra o otra, como con su origen o el verbo del que proviene. Eso ayuda a recordar.