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En estado de reposo la bomba de protones se encuentra dentro de vesículas (túbulo-vesículas) del citosol de la célula parietal, al pasar al estado estimulado, estas vesículas viajan hacia el polo apical donde se fusiona con la membrana apical, exponiendo y activando la bomba de protones para la secreción de hidrogeniones. Cuando cesa la estimulación, la bomba de protones se retrae al compartimiento túbulovesicular dentro del citosol de la célula parietal. La dinámica del transporte de las vesículas conteniendo la bomba de protones
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