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Las primeras entidades administrativas que se formaron de forma permanente fueron las fundaciones (muy ligadas a las misiones católicas), que solo constaban de pequeños poblados (en su mayoría fuertes militares costeros o cercanos a ella) y sus territorios aledaños, los cuales servían de puestos de avanzada para la exploración, colonización y conquista de las tierras del interior del continente. De estas las primeras fueron San Sebastián de Urabá y Santa María la Antigua del Darién, ambas ubicadas en el Golfo de Urabá.
Sin embargo el proceso histórico por el cual se definen las divisiones político-administrativas y su incidencia en la determinación de las fronteras del actual territorio colombiano comienza en 1508, año en que la Junta de Burgos dispuso la creación de las dos primeras gobernaciones del Reino de Tierra Firme, fijando como frontera el Río Atrato: la Gobernación de Urabá, llamada también Nueva Andalucía (que luego se fragmentaría en las de Santa Marta, Cartagena y Caracas) a cargo de Alonso de Ojeda, y Castilla de Oro (ubicada mayormente en el istmo de Panamá) a cargo de Diego de Nicuesa, ambas dependientes de la Real Audiencia de Santo Domingo. Esta división no duró mucho. En 1513 la corona española suprime la gobernación de Nueva Andalucía y pone sus territorios bajo la administración de la gobernación de Castilla de Oro, y nombra a Pedro Arias Dávila como gobernador.
En 1525 se funda la gobernación de Santa Marta, ese mismo año el Rey resuelve a petición de los vecinos de Santa María la Antigua del Darién, fijar nuevos límites entre Castilla de Oro y la recién creada Gobernación de Santa Marta.
Hacia 1542 el territorio colombiano estaría dividido en 3 gobernaciones que surgieron paralelas a la fundación de las respectivas ciudades. Esas gobernaciones fueron, en orden cronológico: Santa Marta (1525), Cartagena (1533), Popayán (1536).
Hacia 1550 se crearon en el interior las gobernaciones del Nuevo Reino de Granada y Popayán, también subordinadas de la Real Audiencia de Santo Domingo y al Virreinato del Perú. Muchos de estos gobiernos tenían por jurisdicción las mismas que tenían los territorios indígenas que existían allí antes de la llegada de los conquistadores, como por ejemplo la de Santa Marta, que agrupada diversas etnias caribes, y el Nuevo Reino de Granada, que agrupaba el territorio de los Chibchas y Pijaos, o la de Popayán que incluía la provincia de los Barbacoas. En 1538, como avanzada hacia el sur en la conquista del Imperio inca, Francisco Pizarro decidió unir las gobernaciones de Popayán y las de Quito en una sola, con aprobación de Carlos V.
Además estos gobiernos eran vitales para la corona española porque de ellos los conquistadores se servían para la exploración y conquista de las tierras americanas del interior. La jefatura de la gobernación estaba en manos de un gobernador cuya labor consistía en administrar militar y jurídicamente el territorio a cargo. A medida que los exploradores y posteriormente los conquistadores penetraban más en el territorio, se iban ampliando o creando nuevas gobernaciones.