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Si bien durante el régimen del terror, varios grupos republicanos se mantuvieron activos, ejerciendo un poder efectivo en los Llanos, principalmente en la Guayana venezolana y en el Casanare, no sería sino hasta 1819 cuando se emprendió el proceso final de expulsión del dominio español.
En 1819 un ejército republicano comandado por Simón Bolívar cruzó las montañas que separan Casanare de Tunja y Santa Fe y tras las batallas de Pore, Pantano de Vargas y Puente de Boyacá tuvo vía libre para tomar el control de Santa Fe, ciudad a la que llegó el 10 de agosto de 1819.
El virrey Sámano huyó de la ciudad, y el virreinato dejó de ser efectivo. Sin embargo, España ejercía su poder en varias ciudades del virreinato y sus zonas de influencia: Quito, Pasto, Popayán, Cartagena de Indias, Santa Marta, Caracas y Panamá, entre otras.
Durante 1820, Pablo Morillo, comandante del ejército realista en la Nueva Granada, y Simón Bolívar acordaron una tregua que fue utilizada por Bolívar para conformar la naciente República de Colombia. Las hostilidades se reanudaron en 1821 con la batalla de Bomboná, la cual, siendo un desastre táctico para ambos ejércitos, dio una ventaja estratégica para las fuerzas republicanas que pronto lograron el control total del actual territorio de Colombia logrando así la liberación de los actuales Ecuador y Venezuela. Así, para todos efectos, en 1822 los realistas habían perdido el control de lo que alguna vez fue el Virreinato de la Nueva Granada.
Los territorios del virreinato se ganaron su independencia de España, unificándose posteriormente con los de la anterior Capitanía General de Venezuela para fundar la primera República de Colombia, también conocida como la Gran Colombia, nombre con el que es recordada en la actualidad. Cuando Venezuela y Ecuador se separaron durante la disolución de la Gran Colombia, Bogotá se constituyó en la capital de la nueva República de la Nueva Granada.