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Sin comprender bien qué ocurría, las culturas más antiguas han utilizado los microorganismos como aliados en la elaboración de diferentes tipos de alimentos. La base de estos procesos casi siempre es la misma: un soporte rico en nutrientes sobre el que un determinado microorganismo se desarrolla y transforma el alimento en otro muy diferente, a través de un proceso conocido como fermentación. Algunos de los más utilizados son las levaduras, sobre todo las pertenecientes al género Saccharomyces, responsables de la elaboración del vino, la cerveza y el pan. Con el paso del tiempo, estas fermentaciones milenarias se estudiaron y controlaron para dirigirlas hacia la producción de determinadas sustancias apreciadas en el alimento o, por el contrario, para eliminar las indeseables.