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La diversidad genética se refiere a la variación hereditaria dentro y entre poblaciones de determinada especie o grupo de especies. La diversidad genética que tienen las especies les permite responder y adaptarse (o no) a las características ó cambios en su entorno. Esto se realiza a nivel cromosómico, donde se realizan poco a poco recombinaciones ó mutaciones que pueden dar mejores (o peores) características adaptativas a las siguientes generaciones (Brack, 2000).
La diversidad genética contribuye a la capacidad de las comunidades ecológicas para resistir o recuperarse de los disturbios o cambios ambientales, incluyendo cambios climáticos relativamente largos. La variación genética de las especies es la base fundamental de la evolución, la adaptación de las poblaciones silvestres a las condiciones locales del medio ambiente, el desarrollo de la especie animal y de las variedades de especies cultivadas han producido significativos beneficios directos para la humanidad.
Es el primer país en variedades de papa, ajíes, maíz (36 especies), granos andinos, tubérculos y raíces andinas. Tiene un importante número de especies de frutas (650), cucurbitáceas (zapallos), plantas medicinales, ornamentales y plantas alimenticias (787 especies).
Posee 128 especies de plantas nativas domésticas con centenares de variedades y además las formas silvestres de esas plantas (cerca de 150 especies silvestres de papas y 15 de tomates).
De los cuatro cultivos más importantes para la alimentación humana en el mundo (trigo, arroz, papa y maíz), el Perú es poseedor de alta diversidad genética de dos de ellos, la papa y el maíz.
Tiene 4400 especies de plantas nativas de usos conocidos, destacando las de propiedades alimenticias (782), medicinales (1300), ornamentales (1600), entre otras de cualidades tintóreas, aromáticas y cosméticas.
Posee cinco formas de animales domésticos: la alpaca, forma doméstica de la vicuña (Lama vicugna); la llama, forma doméstica del guanaco (Lama guanicoe); el cuy, forma doméstica del poronccoy (Cavia tschudii); el pato criollo, forma doméstica del pato amazónico (Cairina moschata).
Los Andes peruanos forman parte importante de uno de los más importantes Centros de Diversidad del mundo. Estos centros de diversidad han son sitios de recursos genéticos de cultivos altamente diversos, y se caracterizan por una larga historia agrícola, diversidad ecológica y diversidad cultural. La importancia de la región andina como un centro de origen y domesticación de cultivos se debe a sus extraordinarios contrastes geográficos.
Los agricultores hacen un manejo vertical de los pisos ecológicos, trabajando en una gama de micro climas. Manteniendo campos de cultivo a diferentes altitudes y condiciones ambientales ha contribuído al desarrollo de una amplia gama de variedades de cultivos altamente adaptables.