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La tortuga marina Eretmochelys imbricata habita en las zonas tropicales de los océanos Indico, Atlántico y Pacifico. Las poblaciones de esta especie se encuentran afectadas por el tráfico internacional de los escudos de su caparazón carne y huevos, y es considerada en peligro crítico de extinción. Por lo tanto, es útil establecer metodologías que permitan la identificación de esta especie en cualquier etapa de su ciclo de vida. Se amplificó por PCR y se secuenció una región de 611 pb del gen COI para identificar y determinar los haplotipos de 17 tortugas carey forrajeadoras de Islas del Rosario (Bolívar) y anidantes de la playa Don Diego (Magdalena), Caribe colombiano. Se realizó análisis de RFLPs in silico utilizando el programa NEBcutter V2.0 con 286 enzimas para secuencias del gen COI de las siete tortugas marinas y la tortuga terrestre T. Scripta descritas previamente en bases de datos. Las enzimas AcuI, AluI, BlsI, BseMII, Bsp1431, DpnI, DpnII, Eco571, HapII, Hin4I, HpaII, K209I, MboI, MnII, MspI, NdeII y RsaI cortaron para todas las secuencias del gen COI de las tortugas analizadas, generando una huella dactilar única para la tortuga carey que permitió diferenciarla de las demás tortugas de estudio. Las enzimas AcuI y AluI identificaron a todas las tortugas marinas. Se obtuvo la secuencia nucleótidica del gen COI de las 17 tortugas estudiadas, el análisis BLAST de las secuencias corroboró la especie E. imbricata con una similaridad entre 98-100% identificando cinco haplotipos, EI-A1, haplotipo descrito previamente en Puerto Rico que coincidió con 10 de las muestras de estudio. Para los otros cuatro haplotipos, aún no existe descripción en la literatura. Las muestras EICOI3 y EICOI11 presentaron una divergencia con respecto a EI-A1 de 0.2%, representado por un cambio nucleotídico, clasificándose como haplotipo EI-A2. Las muestras EICOI6, EICOI12 y EICOI14 mostraron una divergencia del 0.2% con EI-A1 y 0.3% con EI-A2, por lo que se clasificó como haplotipo EI-A3. Las muestras EICOI15 y EICOI16 presentaron 5 cambios nucleótidicos cada una, clasificándose en dos haplotipos diferentes EI-A4 y EI-A5 respectivamente. Estos últimos presentaron la mayor diversidad nucleotídica (K2P=1,7%) con respecto a los tres primeros haplotipos. El haplotipo EI-A1 se encontró en dos individuos anidantes y ocho de forrajeo, el haplotipo EI-A2 se encontró en un individuo anidante y uno de forrajeo mientras que los haplotipos EI-A3, EI-A4 y EI-A5 se observaron en individuos de la zona de forrajeo. El análisis K2P identificó a nivel intraespecifico la tortuga carey presentando divergencia de 0.3% entre las secuencias, confirmado mediante el árbol de Neighbor–Joining, el cual mostró un soporte del 99% para las tortugas Eretmochelys, 84% para Chelonia, Natator y Dermochelys y 73% para Lepidochelys y Caretta. El gen COI es una herramienta valiosa de identificación para la tortuga carey, tanto para análisis de RFLPs, como para código de barras. La presencia de estos haplotipos puede estar asociada a migraciones reproductivas o de forrajeo que apoyan la hipótesis del natal homing y pueden ser utilizada en estudios de filogeografía, comportamiento reproductivo, composición y estructura poblacional en posteriores investigaciones.