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Las disputas existentes entre los docentes de las distintas órdenes religiosas (Dominicos y Agustinos), que impartían su asignatura en la Facultad de Teología, fue dando pie a que el clima de crispación que se vivía en la Universidad de Salamanca se fuera enconando de tal manera que las rivalidades se tornaron en odios enquistados que no quisieron o no supieron solucionar. Estos problemas entre órdenes, venían suscitados por el sistema que existía para la obtención de una cátedra. La decisión para entregar la titularidad de esta, partía de la opción de voto de los alumnos vinculados por sus estudios a la plaza que se disputaba, que eran en definitiva quienes la otorgaban. No era raro pues que los aspirantes a estas plazas intentaran influir en los alumnos y en sus decisiones, para de esta manera poder obtener la titularidad de la plaza. Pero no sólo eran las oposiciones para el acceso a la enseñanza lo que tenía dividida a la Universidad, ya que las famosas Juntas de Teólogos que a petición del Consejo General de la Inquisición se llevaban a cabo en la ciudad de Salamanca para la realización de censuras e índices de libros, puso de manifiesto la existencia de dos grupos claramente diferenciados. Por un lado los Dominicos con una visión más conservadora y tradicional claramente contrapuesta a las ideas progresistas y abiertas que defendían los Agustinos. Estas disputas supusieron una de las páginas más tristes de esta institución, al llevar a tres de sus más preparados profesores ante los tribunales del Santo Oficio.