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Efraín, narrador de la historia, está muy enamorado de su prima María, ella corresponde a su amor. Pero dicha relación es marcada por el idilio y la muerte entre estos dos enamorados.
Efraín, quien abandonó la hacienda de sus padres en el Cauco a muy temprana edad para iniciar sus estudios, regresa a la edad de 20 años para visitar a su familia. María, prima de Efraín, es la mujer de quien ha estado enamorado desde la infancia, por tanto, la narración se desarrolla en torno a los sentimientos que él siente por María a partir del momento en el que llega a la Hacienda.
Durante su estancia en casa, María solía colocar todos los días flores en la habitación destinada para Efraín, puesto que ella sentía el mismo amor por su primo sin antes haberlo confesado. El padre de María enviudó al poco tiempo de haber contraído matrimonio, ya que la madre de María padecía de una enfermedad epiléptica. Asimismo, cabe destacar que María es una niña judía convertida al cristianismo a partir del momento en el que ella se integra a la familia de sus tíos, pasando de ser Ester a María.
La historia se fundamenta en el relato de cada uno de los días que Efraín pasa con María, pues poco a poco, van aclarando los sentimientos de amor que sienten el uno por el otro. Asimismo, Efraín ayudaba a su padre en todos los encargos de la hacienda, visitaba las otras haciendas que tenían y realizaba paseos de cacería junto con Braulio, futuro esposo de Tránsito.
Una tarde, María sufre un colapso y es allí descubren que tiene el mismo padecimiento que su madre. Efraín debía estar consciente de la posible muerte temprana de su amada. No obstante, María recupera la salud porque siente el amor de su amado y procura pasar la mayor parte de su tiempo a su lado tomando clases de geografía junto con su prima y hermana de Efraín, Emma.
Los padres de Efraín descubren al poco tiempo que él está enamorado de María, cuando Carlos, amigo de Efraín, propone matrimonio a María y ella decide no aceptar. Sin embargo, conociendo el padecimiento físico de María y la necesidad de Efraín de continuar sus estudios de medicina en Europa, son las causas por las cuales los padres de Efraín convienen posponer el matrimonio entre la pareja hasta su regreso de Europa.
Efraín salió con su padre a atender varios negocios en las otras haciendas, al llegar la noche, el padre de Efraín recibe una carta en donde descubre que ha perdido una enorme cantidad de dinero. Este suceso, le provoca una enfermedad de la cual se recupera gracias a los cuidados de Efraín, su madre, María y Emma. Así pues, Efraín aprovecha para solicitarle a su padre permanecer en la hacienda y así seguir atendiendo los negocios, ser de gran ayuda y poder estar al lado de María para siempre, sin embargo su padre está decidido porque Efraín continúes sus estudios y cuando éste regrese de su viaje, podrá contraer matrimonio con María.
Poco tiempo quedaba antes de que Efraín se marchara; la boda de Tránsito y Braulio se llevó a cabo y María fue madrina; Efraín continuaba haciendo sus viajes cortos a las otras haciendas; Nay, nana de María y Efraín, una esclava negra proveniente de África y rescatada por el padre de Efraín, fallece al poco tiempo; Carlos le pide a su amigo Efraín ser padrino de la boda; Efraín le regala a María una sortija con sus nombres grabados; María le promete a Efraín cultivar una planta de azucenas para enviarle una cada vez que le escriba una carta durante su ausencia.
La presencia de una ave negra en la historia durante varios momentos críticos: al enfermar María, al enfermar el padre de Efraín y cuando él le obsequia a María la sortija; representa un símbolo que marca las vidas de esta familia, pues dentro de la superstición, esta ave negra sólo trae problemas.
El día en que Efraín debía partir llegó y María, quien en un principio no tenía la fortaleza emocional para superar esta separación, finalmente acepta con entereza el que su amado partiera.
Ya en Londres, Efraín recibía cartas muy amorosas de María, dichas cartas dejaron de llegar y Lorenzo, amigo de su padre, llevó una carta de la familia en donde le pedían a Efraín regresar cuanto antes a casa porque María había enfermado gravemente a raíz de la ausencia de su amado. Efraín emprendió inmediatamente su viaje de regreso a casa. Entre varios recorridos en barco, canoa y caballo, y tras un largo período de viaje, Efraín logró llegar a la casa en donde María estaba, sin embargo, Efraín confunde a su hermana Emma, quien vestía de negro. Le avisan que María había fallecido.
Efraín pasaba momentos muy difíciles de duelo, su padre estaba arrepentido por haberlos separado. Emma relata los últimos momentos de vida de María, ella confiesa su amor hacia él y le entrega un cofre en donde estaban las largas trenzas de María, la sortija regalada y las cartas que se escribieron.
Efraín regresa a Europa para continuar sus estudios, no sin antes recorrer los lugares en donde pasó momentos felices con María y visitar su tumba.